五年前，大冢村一夜之间瘟疫流行，周围的村庄为了防止疫病蔓延，一把火烧毁了整个大冢村。 大冢村的三个孩子，犬冢信乃、犬川庄介以及滨路得以幸存。 三人被教会收养，并在别的村庄中过着平静的生活。 而在大冢村事件中获得了特殊的能力的信乃和庄介，则一直不明原因地被帝国教会总部寻找。 大冢村事件发生的五年后，终于寻觅到信乃与庄介踪迹的教会总部，为了引诱两人来帝都，竟然带走了滨路……
——赌上一切去挑战。上吧，才能的原石们啊。改变时代的，是我们“Blue Lock（蓝色监狱）”—— 为了培育出带领日本获得W杯优胜的射手，日本足联设立了“Blue Lock（蓝色监狱）”计划。 被邀请参与计划的是300名高中生。 而且全员都是FW（前锋）。 身处一旦被淘汰就会失去将来加入日本足球代表资格的极限状态下，被选中的才能的原石们逐渐觉醒了身为射手的Ego。 时而踢落他人，时而凭自身的进化从严苛的选拔中生存下来的35人。 跨越了盘旋着Ego的、狂热的生存战的他们，赌上“Blue Lock（蓝色监狱）”计划的存续，向与U-20日本代表展开的史上最疯狂的决胜赛（Big Match）发起挑战！ 现在，为了将自己的Ego铭刻于世，为了亲手改变命运，史上最炽热的战斗<比赛>即将开始。
青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。 在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。
因为所在的波路中学倒闭，新学期一开始，先岛光（花江夏树配音）和青梅竹马向井户爱花（花泽香菜配音）以及好友比良平千咲（茅野爱衣配音）、伊佐木要（逢坂良太配音）转校至位于陆地的美滨中学继续学业。先岛和朋友们是生活在海底的海之民，传说很久以前人类全部始于大海，大有一部分人迷恋陆地的生活，而放弃了神赐予的“胞衣”。千百年来，陆之民和海之民在摩擦中共存，他们之间有矛盾，有误会，也有憧憬和向往。在新的学校，先岛和爱花结识了生活在海边的少年木原纺（石川界人饰）。来自不同的种族，少男少女别样的青春故事就此上演……
